Die GPT wurde am 17. November 1971 in Köln als eine wissenschaftliche Gesellschaft von Ärzten, Apothekern und Naturwissenschaftlern gegründet.
Sie fördert sowohl die pharmazeutische und pharmakologische Grundlagenforschung zu Arzneipflanzen als auch im Besonderen die klinische Forschung mit pflanzlichen Arzneimitteln im Sinne einer evidenzbasierten Medizin. Gerade hier bleibt nach klinischen Studien der Expertenkonsens weiterhin ein wichtiges Instrument des Erkenntnisgewinns.
Die GPT führt seit 1987 - zum Teil auch zusammen mit anderen wissenschaftlichen Fachgesellschaften - regelmäßige wissenschaftliche Kongresse zu Themen aus dem Bereich der Phytotherapie durch. Themen sind bzw. waren die Wirksamkeit bei Erkrankungen sowie die Einordnung in das therapeutische Umfeld, die präklinische Pharmakologie (Aufklärung der Wirkmechanismen), Sicherheit und Verträglichkeit sowie Fragestellungen zur phytopharmazeutischen Qualität. Insgesamt wurden bereits mehr als 20 Kongresse und Symposien veranstaltet.